这篇文章是由客博主投稿的塔利·兰伯特，哈佛医学院的研究助理。
社区荧光蛋白数据库的需要
正如2008年诺贝尔奖所承认的那样，荧光蛋白（FPs）已经成为现代生物学研究中金宝搏app下载最不可或缺的工具之一。任何显微镜师都会告诉你，选择荧光探针（无论是有机染料还是FP）是设计成像实验的最重要步骤之一。然而，这种选择并非微不足道，因为FPs是一种极其复杂的实体，具有广泛的特性（颜色、亮度、光稳定性、成熟度、低聚化），其中许多特性受到环境条件（如温度、pH值、融合蛋白等）的显著影响。有很多在线指南，包括一本优秀的Joachim Goedhart的系列文章在Addgen188博金宝官网e博客上——概述选择FP时的各种重要考虑因素，但在做出这样的决定时可能需要的许多主要数据仍然分散在介绍这些工具的出版物的文献中。
几年前,，库尔特荆棘(当时的UCSF)开始努力整理一些目前“最好的”FPs，我和他合作了一个基于网络的交互式可视化的FP属性(这变成了www.fpvis.org）.多年来，这个页面一直非常有用，当研究人员来找我们寻求选择蛋白质的建议时，我们通常会把它们作为起点。然而，人们可能想要存储更多关于FPs的信息，而不是目前在fpvis中表示的信息(完整的光谱信息、加入数、序列和谱系、烦恼效率、附加参考等）和更强健的数据库结构。当更新依赖于一个人时，也很难扩展这样的资源。由于数千名科学家经常使用和思考FPs，因此拥有一个集中的、社区可编辑的资源来存储和传播有关FPs的信息将是一件好事。
FPbase.org
FPbase是一个用Python&Django编写的项目，它使用了一个流行的数据库管理系统（PostgreSQL），旨在最终成为有关荧光蛋白信息的综合社区资源。它的设计目标是鼓励用户贡献（使用简单的web表单），同时保持相对严格的数据库设计(金宝搏app下载模式）.注册用户可以提交新的荧光蛋白，在现有蛋白缺失时添加数据，或者在发金宝搏app下载现错误时进行编辑(任何人都可以使用有效的电子邮件地址注册)。我们也可以简单地附加一些重要的参考资料，以进一步说明所关注的蛋白质的特征(我们非常感谢这些微小的贡献)。当然，没有一个社区可编辑的数据库可以避免不准确的数据提交的风险，所以FPbase包括一个版本控制系统，允许用户查看给定页面何时有未经审核的更改和查看以前的版本。目前，所有提交的文件还需要参考主要文献的DOI，并在提交后尽快将所有数据与已发表的文献进行协调和交叉核对。
使用FPbase
FPbase最明显的用例是查找特定FP的信息;这可以直接使用搜索栏主页(并在所有页面的顶部)。但是，数据库的全部意义在于以更强大的方式浏览或搜索信息高级搜索page简化了构建高级多参数搜索查询的过程。查找过去几年中发布的发光峰值在600nm左右的明亮单体FP？只需输入这些参数，您就会找到匹配的FP建议。
如果你不确定你要找的是什么荧光蛋白特性表提供数据库中所有蛋白质的主列表，以及交互式荧光蛋白特性可视化允许FPs的视觉比较，以及它们之间的关系。此外,FPbase荧光光谱查看器可以用来比较激发和发射光谱，并将很快特征滤波光谱和收集效率的计算。有了~ 80fp光谱(并且在您的帮助下迅速增长!)，我相信这代表了最大的在线FP光谱收藏之一。
每个蛋白质都有一个页面，上面有数据库中与该特定蛋白质相关的所有信息(例如:表皮生长因子）.用户可以“喜欢”某些蛋白质，或者创建自定义蛋白质集合(比如你或你的实验室经常使用的一组FPs)，以方便比较或检索。这些收藏页面可以保密,公开或共享(所以随时温和的你自己的版本的fpvis.org与你选择的蛋白质!),他们可以在JSON或CSV格式下载信息的快速检索所有数据库相关的一组蛋白质。对于希望在自己的项目和应用中合并FPbase数据的计算机熟练用户，aRESTAPI允许程序检索数据库中的大多数信息。
FPbase未来发展规划
FPbase仍然处于开发的早期阶段，有很多改进和细化的空间。目前的项目包括整合生物传感器、蛋白质进化谱系、双光子光谱、更精细的光谱分析工具，以及更好的存储和表示方法书房内光漂白的比较。我们非常感谢反馈，所以请尝试这个网站联系我们如果你有什么想法或要求。或者，如果你有Python的经验，在github上完成项目并提交拉取请求。
非常感谢我们的客座博主塔利·兰伯特！
塔利·兰伯特（Talley Lambert）是哈佛医学院（Harvard Medical School）的研究助理。他负责管理细胞生物学显微镜设备，专门研究高级光学显微镜。请在twitter或github上关注他@tlambert03．
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