引物的设计。质粒的映射。DNA序列分析。我们都有自己喜欢的工具来处理这些特定的任务，但它们往往分散在互联网上。为了帮助你保持你的虚拟分子生物学工具箱的组织，今天的帖子提供了一个免费的在线分子生物学工具列表。
质粒的映射
这些工具用于查看、编辑或制作质粒图，但也可以分析和注释任何DNA序列。
- SnapGene查看器:免费的SnapGene Viewer非常适合查看质粒地图和测序轨迹，而付费版本则提供了更多的质粒地图和设计工具(图1)。
- Benchling:虽然你可能认为Benchling是一个电子实验室笔记本，但它也有一套分子生物学工具，可以制作质粒地图。对学术用户免费。
- 串行克隆器:用于质粒设计和绘图的免费桌面软件。
- ApE（质粒编辑器）：一个免费的基于捐赠的质粒分析工具，包括编辑、注释、创建地图等。这个工具是由犹他大学的M. Wayne Davis维护的。
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| 图1:在蓝色火焰质粒pET21a-BirA的SnapGene中创建的质粒图谱。 |
DNA /蛋白质数据库搜索和分析工具
- Addgene的分析序列工具：注释要素、爆破、对齐、摘要和翻译序列。
- NEBCutter2：用于查找限制性内切酶切位点
- Webcutter 2.0：用于查找限制性内切酶切位点
- 开放式读框取景器
- Addgene矢量数据库:寻找从出版物和商业来源中组装的质粒的序列，以及那些保存在Addgene中的质粒。
- NCBI爆炸:将核苷酸或蛋白质序列与数据库中的序列进行比较
- ExPASy翻译工具：使用所有六个开放阅读框翻译DNA序列
- UniProt:蛋白质序列和功能信息的数据库，如表达模式、翻译后修饰和多态性
- 密码子优化工具：要访问此工具，请设置IDT帐户。
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| 图2:Addgene的分析序列工具。 |
DNA序列操作工具
有时DNA序列需要“清理”或以某种方式改变，然后才能进行分析。这些工具有助于实现这一点。
- DNA序列反向补体工具输入一个DNA序列，程序会给出反向序列、补体序列或反向和补体序列。
- 筛选DNA工具：从DNA序列的文本中删除非DNA字符，如数字和空格，以便复制和粘贴到其他应用程序中
引物设计工具
以上列出的质粒定位工具中，很多都有内置引物设计工具，但这里有几个单独的用于通用引物设计的位点，以及用于不同克隆应用的引物设计。
- Primer3和Primer3Plus:用于一般底漆设计
- Goldengate克隆引物的设计
- 设计融合克隆引物
- Gibson组装和NEB-hifidna组装引物的设计
- IDT的OligoAnalyzer工具:用于发夹分析，Tm和引物二聚体估计，以及其他引物特性。
克隆连接反应计算器
这些链接可以帮助您计算不同类型的克隆方法(如限制性内切酶克隆、Gibson组装或In-Fusion克隆)需要多少插入和主干。
- 内结扎计算器:此工具适用于任何克隆方法。您可以从五个不同的插入:骨干比率中选择。
- 熔融克隆摩尔比计算器
实验室数学计算器
这些计算器可以帮助你在实验室中进行常见的计算。
如果你正在寻找更多的在线molbio工具，请查看LabWorm. LabWorm让科学家提交他们最喜欢的在线科学工具，然后投票选出他们最喜欢的工具。这是找到新工具并分享您使用这些工具的经验的好方法。
今天的帖子里有没有你最喜欢的在线分子生物学工具?请在下面的评论中分享它们。
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资源在Addgene.org上:
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