热质粒和病毒制剂-2021年1月

每隔几个月，我们会通过我们的热质粒文章. 这些文章提供了最近质粒沉积的简要总结，我们希望它们能使您更容易找到和使用所需的质粒。如果你想写一篇关于最近的质粒存款的文章，请注册在这里.

以下是您将在本帖中找到的内容：

• 用于细菌的蓝光诱导型Cre
• CRISPR Casɸ
• 一种新的黄色荧光蛋白mGold
• 新的CRISPR质粒
• 病毒服务的新项目

用于精确控制细菌基因表达的快速蓝光诱导Cre

通过梅根雷戈

重组酶是一种识别、切割和改变DNA中特定靶序列的酶，产生多种结果，包括切除或插入、反转、易位或盒交换。通过利用重组酶操纵基因组，科学家可以控制他们感兴趣的基因的表达。虽然重组酶本身是强大的基因表达工具，但它们的活性可以通过使用重组酶进行微调和精确控制光遗传学. 光遗传学工具利用光诱导蛋白质的构象变化。

表达重组酶活性RFP报告质粒的细胞暴露于蓝光下。与其他重组酶/光二聚体对相比，Cre Vvd的活性显著提高。使用BioRender.com创建

在最近的ACS合成生物学出版物中，玛丽·邓洛普实验室通过用Vivid（Vvd）光二聚体拆分和连接蛋白质区域，产生光敏Cre，Opto Cre Vvd。在蓝光照射下，Vvd二聚体将C端和N端Cre片段聚集在一起，并允许重组酶活性。Opto-Cre Vvd精度高，对环境光的灵敏度低，可被低强度和高强度蓝光激活，因此用途广泛。与其他拆分Cre系统不同，拆分Cre系统最多可占用需要24小时才能切断，Opto-Cre Vvd速度快，可缩短2小时。

Sheets，MB等，ACS合成生物学。2020https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acssynbio.9b00395

O'Brian，SP，等人，《生物技术杂志》，2014年。https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/24390935/

超紧凑基因组编辑器CRISPR Casɸ

通过范美莲

Doudna实验室发现了CRISPR Casɸ，这是一种来自巨大噬菌体的Biggie噬菌体分支的超紧凑基因组编辑器，为CRISPR Cas工具箱增添了新的功能。在本文中，他们调查了三个Casɸ直系同源体，Casɸ-1、Casɸ-2和Casɸ-3。

这一制度之所以引人注目，有几个原因。Casɸ只有约70kDa，分子量约为Cas9或Cas12a的一半。这部分是因为它只有一个活动站点。Casɸ中的RuvC活性位点既可以处理crRNA，也可以进行crRNA引导的DNA切割，这与其他依赖于多个活性位点的具有良好特征的Cas酶不同。此外，Casɸ具有最低的PAM要求。例如，对于Casɸ-2，PAM序列是5'-TBN-3'（其中B是G、T或C）。作者证明CRISPR-Casɸ具有活性体外以及人类和植物细胞。

来自Biggie噬菌体的Casɸ可以消除竞争性移动基因元件。巴塞姆·沙耶布在杜恩纳实验室拍摄的照片。

由于交付限制，科学家们正在寻找更紧凑的基因组编辑器，而科学家们正在寻找更广泛的目标基因组序列，这可能会从CRISPR Casɸ中受益。

Pausch等人，《科学2020》，https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32675376/

mGold是迄今为止最具光稳定性的黄色荧光蛋白

通过吴静婷

高通量筛选方法，如荧光激活细胞分选(FACS)，帮助研究人员筛选数以千计的细胞，以确定细胞表现出感兴趣的特性。然而，流式细胞术不能在空间和时间上靶向单个细胞。现在,弗朗索瓦圣皮埃尔实验室开发了一种新形式的基于FACS的细胞筛选、单细胞表型观察和光标记（聚光灯），作为从大型异质培养物中分离具有独特时空表型的单个细胞的方法。

HeLa细胞表达角蛋白与mGold（顶部）和mVenus（底部）的融合。细胞每30秒成像一次，持续3小时。来自李等人，2020年.

聚光灯被用来拍摄300多万个表达黄色荧光蛋白（YFP）变体的细胞类型。该团队发现了一种新的YFP变体mGold。研究发现，mGold的耐光性比mVenus（母YFP）高出5倍，亮度与mVenus相当，是迄今为止最耐光的YFP。因此，mGold有望为要求高光稳定性的实验做出贡献，如延时成像或具有高光功率的分子检测。

Lee，J.等人，《科学进步2020》。https://doi.org/10.1126/sciadv.abb7438

CRISPR角落

通过曾珍妮弗

以下是近期CRISPR质粒的一些亮点。要找到Addgene中所有可用的CRISPR质粒，请访问我们的CRISPR质粒和资源页面.

• CDDR (CRISPR-Cas9-based dual fluorescent DSB Repair)是一种用于哺乳动物细胞的双链断裂修复试验。这是基于两个dsb在荧光报告的介绍和分辨率。
• 在这里找到质粒
• Yongsub Kim的实验室设计了prime编辑器，以扩展其PAM灵活性。
• 在这里找到工程主编辑器
• Kivanc Birsoy保存了一个针对人类表观遗传基因的慢病毒CRISPR敲除文库。
• 在这里找到图书馆
• 与目前的N端连接的SaCas9 ABE变体相比，一种新的SaCas9 ABE变体（microABEI744）提高了靶点编辑效率，减少了RNA的靶点外足迹。它也是最小的AAV可交付产品之一。
• 在这里找到质粒
• Jesse Zalatan的实验室为酵母中的化学诱导CRISPRa系统沉积的质粒是通过募集MS2功能化的GRNA介导的。
• 在这里找到酵母CRISPRa质粒
• 通过使用Leopold Parts储存的慢病毒CRISPR人类基因组文库，减少CRISPR筛查的规模。该文库为每个结构提供2个随机配对的指南，与更大的全基因组文库相比，该文库允许在不降低性能的情况下缩小屏幕规模。
• 在这里找到图书馆

来自病毒服务的新消息

通过贾森·纳斯斯

我们定期从质粒收集中添加新的病毒小份，以提供即用病毒制剂. 以下是近几个月来的一些新病毒制剂：

• 戈登·菲舍尔实验室针对GABA神经元构建的血清型现已扩展。血清型包括AAV1和AAV9。
  • 在这里找到病毒制剂
• pAAV-hSyn-Cre-P2A-dTomato现已在AAV1和AAV8以及AAV5和AAVrg中提供。
  • 在这里找到表达Cre的病毒制剂
• 林田实验室的AAV-CAG-dLight1.3b现已作为血清型AAV5的现成病毒制剂提供！
  • 在这里得到dLight1.3b
• 在你的实验中寻找淘汰赛？Nirao Shah和Jim Well实验室的AAV-flex-taCasp3-TEVp诱导cre依赖性细胞凋亡。现已作为AAV5血清型的即用病毒制剂提供。
  • 在此处找到AAV-flex-TACASP 3-TEVp
• 以小白蛋白皮质中间神经元为靶点的红移通道视紫红质（C1V1）现已作为血清型AAV5的现成病毒制剂提供。
  • 把视紫红质拿过来
• Loren Looger实验室的星形胶质细胞特异性紧亲和谷氨酸传感器现已在AAV1中提供。
  • 在这里获取GFAP.SF-iGluSnFR.A184S-AAV1
• Deisseroth实验室新推出的双功能和三功能INTRSECT病毒制剂现已上市。
  • 在这里找到所有Deisseroth病毒制剂
• 马上就来！来自Sanford Boye实验室的新AAV血清型具有增强的视网膜向性。
  • 在这里找到即将出现的血清型