热质粒和病毒准备- 2021年9月

通过各种Addgenies

各种Addgenies2021年9月21日

每隔几个月，我们就会通过我们的热质粒的文章．这些文章提供了最近质粒沉积的简要总结，我们希望它们将使您更容易找到和使用您需要的质粒。

以下是你将在这篇文章中发现的内容:

改进的无细胞系统检查生物合成途径
富集abe靶向细胞的新工具
CRISPR角
新的随时可用的病毒准备

改进的无细胞转录/翻译系统，以检查生物合成途径

近年来，无细胞转录/翻译系统(也称为TX-TL系统)作为一种合成生物学工具越来越受欢迎。这些系统使研究人员能够了解细菌基因簇，这些基因簇可以产生有用的天然物质，如抗生素。西蒙·摩尔和保罗·弗里蒙特的实验室之前在链霉菌属是一种原核生物属，能产生多种天然产物。最近,这一组优化初始系统利用较强的启动子和不同的生化二次能源将蛋白质产量从36 μg/mL提高到266 μg/mL。这个反应只需要三种成分:主混合物、感兴趣的DNA和细胞提取物。

图形化的简介:无细胞系统的示意图，能够产生荧光蛋白和酶。金宝搏app下载从图片摩尔等人，2021年．

通过监测荧光蛋白和土霉素酶的表达，验证了该TX-TL系统能够稳定表达高G+C含量的基因。金宝搏app下载接下来，这个系统被用来重建自然的生物合成途径。含有多种酶的生物合成途径可以在这个无细胞系统中成功地重建。总而言之，这种无细胞系统允许一个相对简单的、可控的“一锅”反应，能够再生有用的天然物质。

美国化学学会合成生物学202。https://doi.org/10.1021/acssynbio.0c00581

富集abe靶向细胞的新工具

通过艾莉亚当斯

单碱基修改安倍或CBE的有潜在的能力来改变高达60%的致病点突变。它们允许单核苷酸修饰来编辑DNA，而不需要双链断裂。的小王实验室最近沉积了一套质粒，帮助识别碱基编辑的细胞群，而无需终点测序分析。这些质粒使用“cas9介导的腺苷瞬时编辑富集报告”，或XMAS-TREE，来识别碱基编辑的细胞群端点排序化验。

该工具是将mCherry荧光蛋白的编码序列、终止密码子和绿色荧光蛋白(GFP)的编码序列组合在一起设计而成。从GFP表达变化的成功可以看出a - g转换的成功，终止密码子应该由“TGA”变为“TGG”。鉴定ABE活性后，XMAS-TREE还可以用于纯化这些修饰并与它们进一步合作。该实验室证明，XMAS-TREE可以多路复用，并可用于人类多能干细胞，这是一种过去很难修改的细胞类型。

图1:XMAS-TREE的识别和富集使用。a)用三种不同的载体转染细胞，通过mCherry和GFP表达流式细胞术对群体进行分类，检测ABE的表达。b)使用基于xmas树的方法对4个不同类别的不同基因组位点的碱基编辑效率进行量化。

Brookhouser, N.等。BMC Biol 18, 193(2020)。https://doi.org/10.1186/s12915-020-00929-7

CRISPR角

通过詹妮弗曾

新的CRISPR质粒总是被添加到存储库中。要找到Addgene中所有可用的CRISPR质粒，请访问我们的CRISPR质粒和资源页面．以下是过去几个月的一些亮点，包括几个集中库:

Cas13X和Cas13Y在来自高盐样本的宏基因组数据集中发现了两个紧凑的Cas13蛋白，它们被设计并用于哺乳动物细胞系的RNAi实验。
的特纳实验室人类信使rbp sgRNA文库每个基因用10个引导rna靶向人类mRNA结合蛋白。除了嘌呤霉素耐药性外，实验室还修改了慢病毒的主干，以编码CD90.1选择标记Thy1.1。
的MYC-CRISPR图书馆目标E-boxes全基因组。它是基于MYC-ChIP-seq数据设计的，来自几个myc依赖的癌症细胞系。它可以应用于广泛的人类细胞中MYC基本结合位点的鉴定。
一个新的混合图书馆来自陈俊杰实验室的研究对象是已知或疑似参与DNA损伤反应和DNA修复的人类基因。
一个新的CRISPR联合文库靶向肺炎链球菌D39VJan-Willem Veening的研究发现，每个操纵子或基因有一个sgRNA。sgRNA库也可以靶向其他肺炎球菌菌株的核心操纵子。
的BARBEKO sgRNA图书馆利用CRISPR胞嘧啶碱基编辑器通过靶向起始密码子、剪接受体和供体位点，以及引入过早终止密码子来破坏基因功能。