的秀丽隐杆线虫社区一直强调开放科学和合作的必要性。该领域已经为科学家提供了全面的参考页面和精选数据库，包括Wormbook，Wormatlas和Wormbase．科学家们一直在通过摘要遗传学中心(CGC)负责维持并在世界各地分发菌株。
我在第22国际赛区的时候C．线虫我再次想起了C．线虫研究人员拥抱开放科学，共享资源和工具。这一信息在科里巴格曼在关于CRISPR技术和条件表达和降解的新工具的研讨会上。这些研讨会不仅突出了新工具，还包括提问时间和小组讨论不同实验的最佳策略和协议。
在这篇博文中，让我们看看会议上讨论的其他一些开放资源，以及Addgene中可用的有用的质粒和工具包。
C．线虫开放资源
的秀丽隐杆线虫神经元基因表达图谱与网络(岑根)
岑根的目标是建立一个全面的基因表达图谱C.elegans神经元。科学家们目前使用两种方法来完成这项工作:单细胞rna测序来识别神经元类别，以及对每个类别的神经元进行深度测序，以充分表征转录组。岑根的第一次数据发布计划于2019年8月15日。有关的更多信息岑根的目标和方法，查阅他们的出版物。
3 'utrome
mRNA的3 ' utr在转录后调控中起重要作用秀丽隐杆线虫．为了研究3'UTR的作用，亚利桑那州立大学(ASU)生物设计研究所专门开发了一个3'UTR数据库秀丽隐杆线虫．这个数据库提供了关于秀丽隐杆线虫3 ' uts结构，所有蛋白编码mrna的替代聚腺苷酸化，以及从其他数据库提取的注释(Mangone等人，2008年）.
OpenWorm
OpenWorm是一个开源项目，正在创建“计算机中的第一个虚拟生物这个项目为蠕虫社区提供了各种资源，使其更容易查看和探索蠕虫。这些资源包括打开虫浏览器，可以逐层查看蠕虫的解剖结构NeuroML秀丽隐杆线虫连接体，一个模型C.elegans神经网络,Sibernetic，一个流体力学模拟器，可以用来模拟肌肉组织，因为它适用于秀丽隐杆线虫运动。要查看OpenWorm中包含的其他资源，请查看OpenWorm网站。
缩微出版
microPublication是蠕虫社区的一个独特出版物，人们可以在这里发布简短的新发现。这些结果通常是一个数字，可以是否定的，甚至可以是重复的研究，以显示可重复的结果。对于科学家来说，这是一个伟大的资源，可以发表那些不适合大型出版物的发现，否则就会永远丢失在实验室的笔记本上。微出版物经过同行评审，并分配了一个可以引用的DOI。此外，microPublications发布的数据被整理并添加到其他数据库，包括wormbase和flybase。microPublication由蠕虫社区的成员运行和维护果蝇斑马鱼的文章也在那里发表。
蠕虫发展动态数据库(WDDD)
WDDD的目的是获取所有细胞分裂的定量数据秀丽隐杆线虫当所有必需的胚胎基因通过RNA干扰(RNAi)单独耗尽时。科学家们使用四维对比干涉(DIC)显微镜和计算机成像处理来监测RNAi的效果。这些方法的结合为开发计算方法以更好地理解动物发育提供了独特的机会(Kyoda等人，2012）.
C．线虫中国人民解放军Addgene的smid工具
除了上面描述的丰富的开放资源外，还有许多质粒工具C．线虫会议。在这里，我将重点介绍我们在Addgene中提供的一些工具包，这些工具包主要是在社区新资源和工具研讨会上讨论的。
生长素诱导降解系统(AID)质粒
Dernberg实验室2015年，对植物中发现的AID系统进行了改造，使其能够有条件地消耗感兴趣的蛋白质秀丽隐杆线虫（Zhang et al.， 2015）.在该系统中，修饰的TIR-1蛋白可以以生长素依赖的方式降解降解标记蛋白。这个系统允许科学家在空间和时间上敲除感兴趣的蛋白质。
质粒的cGAL和分裂cGAL系统
的斯特恩伯格实验室2016年创建了cGAL，一种基于GAL-4的双部表达系统，可以调节基因的表达C.elegans．在这个系统中，启动子控制GAL-4驱动程序的表达，GAL-4驱动程序可以结合到基因上游的激活序列以刺激表达(Wang et al.， 2016）.2018年，该实验室对该工具进行了扩展，将cGAL4一分为二，并将每一半与gp41-1- n -蛋白结合。分裂蛋白是一种蛋白质结构域，可以自然地“结合、自我切除和共价连接其侧翼肽”(Wang et al.， 2018)。”在分裂系统中，只有具有两半cGAL的细胞才能驱动感兴趣的基因表达。
SapTrap工具包CRISPR Cas9编辑
在Addgene，我们有整个SapTrap工具包从约根森实验室．SapTrap是一个用于创建CRISPR靶向载体的试剂工具包和质粒装配线，每个载体都包含一个引导RNA和您选择的修复模板(施瓦茨和乔根森，2016年）.使用Saptrap，这种CRISPR质粒可以在单个管中产生。你也可以找到额外SapTrap质粒用于引入在微出版物(施瓦茨和乔根森，2018年）.
这些只是蠕虫社区公开共享的蠕虫资源和工具的一些例子。获取更多关于秀丽隐杆线虫Addgene的质粒检验了我们的Worm表达式资源界面．这个页面是不断策划，因为我们继续收到为蠕虫设计的质粒，所以经常检查什么是新的和流行的!
参考
Hammarlund, Marc等。《岑根计划:整个神经系统的完整基因表达图》神经元99.3(2018): 430 - 433。PubMedPMID：30092212．公共医学中心PMCID: PMC6576255．
等。WDDD:蠕虫发育动态数据库。核酸的研究41.D1 (2012): D732-D737。PubMedPMID: 23172286．公共医学中心PMCID: PMC3531189．
Mangone, Marco等。“UTRome。org:一个秀丽隐杆线虫3 ' UTR生物学平台。”核酸的研究36.suppl_1 (2007): D57-D62。PubMedPMID: 17986455．公共医学中心PMCID: PMC2238901．
Matthew L. Schwartz和Erik M. Jorgensen。“SapTrap，一个用于秀丽隐杆线虫高通量CRISPR/Cas9基因修饰的工具包。”遗传学202.4(2016): 1277 - 1288。PubMedPMID: 26837755．公共医学中心PMCID: PMC4905529．
施瓦茨，M. L.和乔根森，E. M.用unc- 119 +选择引入点突变的SapTrap载体缩微出版1(2018): 2 - 3。
王，韩，等。“cGAL，一种适用于秀丽隐杆线虫的耐温GAL4-UAS系统。”自然方法14.2(2017): 145。PubMedPMID: 27992408．公共医学中心PMCID: PMC5693259．
王，韩，等。“Split cGAL，一种交叉策略，使用分裂蛋白在秀丽隐杆线虫中精细的时空转基因控制。”美国国家科学院院刊115.15(2018): 3900 - 3905。PubMedPMID：29581308．公共医学中心PMCID: PMC5899461．
张良玉，等。“生长素诱导降解(AID)系统使秀丽隐杆线虫的多种条件蛋白耗损成为可能。”发展142.24(2015): 4374 - 4384。PubMedPMID: 26552885．公共医学中心PMCID: PMC4689222．
Addgene博客上的其他资源188博金宝官网
- 了解更多关于SapTrap
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