我们介绍了我们新的测序合作伙伴seqWell，并详细介绍了我们如何使用Addgene的质量控制过程下一代测序结果对沉积质粒进行质量控制．我们还说了我们的新Snapgene生成地图提供改进的功能检测与一个易于使用的界面。我们经常使用Snapgene作为我们的质量控制过程，因为它广泛的功能库和有用的工具。在这篇博客中，我们将带你了解Addgene的科学家如何使用Snapgene来确认质粒的序列，我们还将通过我们的Snapgene驱动的地图和序列分析工具，重点介绍我们网站上的一些新功能。
我们利用SnapGene进行质粒质量控制的主要方法有:
- 鉴定重要的质粒特征
- 将NGS测序结果与参考序列进行比对
- 为进一步的质粒验证设计实验
鉴定质粒的特性
虽然我们对传入质粒的质量控制过程可以根据质粒的内容而有所不同，但第一步总是将准备好的质粒DNA发送给下一代测序。然后，我们将生成的FASTA文件的内容复制到Snapgene的桌面版本中，以可视化序列并寻找特性。Snapgene软件将为我们确认的第一件事是它是线性序列还是圆形序列。接下来，我们使用“Detect Common Features”函数来查找和注释启动子，可选择的标记，标签，起源的复制,金宝搏app下载这些数据已经包含在Snapgene庞大的数据库中。
Snapgene还提供了开放阅读框架的简单可视化，这通常是我们了解感兴趣的基因可能位于何处的第一个线索。通过简单地使用BLAST检查从Snapgene内翻译的氨基酸序列，我们可以确认基因的身份，并检查任何突变。
一旦我们识别了基因，我们就可以很容易地通过在Snapgene中创建自定义特征来注释它。这节省了我们的时间，因为我们经常分析含有相似特征的许多质粒的沉积物，它允许你更快地在其他质粒中识别相同的特征。
用Snapgene比对序列
一旦我们在质粒中确定了特征，我们接下来验证我们的测序结果是否与沉积物、已公布的主干序列和任何已知插入序列的序列信息相匹配。Snapgene桌面软件允许我们在同一时间快速对齐多个序列。这意味着我们可以很容易地比较和分析我们的序列结果和参考序列之间的任何差异。
利用Snapgene进行额外的验证实验:引物和限制性消化设计
质粒的某些区域难以用NGS进行测序。这些区域包括富含gc和重复的区域。这些区域需要额外的验证实验，可以使用Snapgene桌面软件进行部分设计。
如果一个质粒含有一个区域有大量的鸟嘌呤和胞嘧啶核苷酸，我们可能需要送它去桑格测序，以验证该区域的序列。我们已经设计了许多底漆桑格测序在Addgene。通过使用Snapgene的“从列表中导入引物”功能，我们可以检测到我们设计的所有将退火到质粒序列的引物。然后我们就可以快速选择我们应该使用的引物来进一步验证困难的区域，并将质粒送去进行Sanger测序。
如果质粒中存在重复区域，我们可能需要执行限制性消化以确认质粒和插入物的大小。通过使用桌面版Snapgene的“模拟琼脂糖凝胶”选项，我们可以预测用一种或多种酶消化质粒序列时产生的条带大小。
我们与Snapgene合作，更新了我们的网站，让您可以一目了然地分析存储库中的质粒的测序结果。我们的Snapgene驱动质粒图谱和序列使用与桌面版Snapgene相同的特征检测软件。当您直接从我们的网站下载一个Snapgene文件时，您可以使用Snapgene查看器或Snapgene桌面程序来深入分析序列数据。您将在我们的质粒图中看到注释的相同特征，包括我们最流行的引物和某些限制性内切酶，但您也可以创建自定义注释和设计额外的实验，如限制性内切酶。我们将有一个教程显示所有功能在我们的Snapgene供电的地图和序列即将到来!
Addgene博客上的额外资源188博金宝官网
更多资源请访问Addgene.org
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