由银杏生物工程公司合成，由Addgene共享：用于多种表达系统的SARS-CoV-2质粒

最后更新于2021年7月20日。

通过威尔·阿诺德和什里亚维丹坦

通过提高材料的可用性来加速研究是我们任务的核心部分。在当前的全球大流行中，科学家们竞相寻找疫苗、治疗方法和其他治疗方法，以遏制COVID-19的传播，这是最真实的情况。这就是为什么我们自豪地与银杏生物工程合作，合成和分享超过1850个SARS-CoV-2质粒帮助学术和工业实验室加速研究，帮助找到更快的解决新冠病毒-19大流行的方法。

虽然我们已经确认了每个质粒的预期特征和序列，但这些结构都没有经过银杏生物工程或Addgene的功能测试。如果您在实验中使用了此集合中的质粒并公布了您的数据，请填写这张表格我们会把你的引文添加到我们网站的质粒页面上。贡献你的研究结果有助于其他研究人员使用这些质粒，并将使你的研究更具可见性。

图1：来自Philippa Steinberg的SARS-CoV-2的图示IGI.

银杏生物工厂有哪些SARS-CoV-2质粒可供申请?

目前，质粒包含所有SARS-CoV-2蛋白编码基因在里面大肠杆菌和酿酒酵母表达载体可在Addgene获得。一组包含各种棘突蛋白变体的哺乳动物表达载体也可用。质粒在完成质量控制时会不断添加，您可以在列表中找到所有可用的质粒银杏收藏页.

细菌表达质粒

对于那些用于细菌表达系统的结构，银杏在高拷贝主干中合成了SARS-CoV-2表达质粒，T7启动子驱动WT、密码子优化、未标记、裂解位点（凝血酶和TEV）和C末端标签（StrepII、3xFLAG、6xHIS、MBP、Myc）的多种组合。这些结构包括非结构蛋白1至16、棘突蛋白、包膜小蛋白和膜蛋白等蛋白质。虽然所有病毒成分都可以在细菌表达质粒中获得，但糖蛋白和其他需要翻译后修饰的蛋白质可能不容易在非哺乳动物细胞中表达。

酵母表达质粒

酵母表达结构包含蛋白质编码基因、标签、截断和密码子优化，类似于在细菌表达质粒中发现的。每一种组合都存在于两组骨干中，使用TEF1或GAL1启动子驱动表达。这些载体用于后续实验中SARS-CoV-2蛋白的高水平表达和纯化，在标签、切割、密码子使用和表达系统方面具有灵活性。

哺乳动物表达质粒

最后，我们还获得了一组经过优化的野生型和密码子，以及克隆到CMV驱动表达载体中的刺突蛋白的全长和截尾版本。它们不包含任何标记，用于伪型VSV粒子的产生(福岛等人，2008年)。

浏览银杏生物工程COVID-19质粒集合

在新冠病毒-19传播过程中对Addgene的质量控制

我们收到了银杏的第一套含有SARS-CoV-2蛋白编码基因的质粒大肠杆菌和酿酒酵母三月底的表达载体。第一组383个构件在网站上首次收到后仅三周就上线了。

为了让科学家们能够迅速获得这些质粒，我们必须改进一些质量控制过程。对于其他许多人来说我们收集的新冠病毒-19相关质粒在美国，我们依靠桑格测序作为第一个合格的QC。实验室团队对小批样品进行人工转化、接种和DNA微预处理。一旦这一过程完成，QC的科学家就会将分离出来的质粒DNA与适当的测序引物混合，然后手工将它们交给我们的桑格供应商，从而准备桑格反应。这些结果会在8-12小时内返回，并在第二天的第一件事进行分析。没有什么比一觉醒来就看到新数据更好的了!然后将这些相同的质粒加入到我们正常的完整质粒NGS队列中，以使它们符合我们较慢、更传统的QC过程。虽然这对早期的SARS-CoV-2材料很有效，但它不能很好地扩展到银杏的几千个质粒。

为了平衡对速度的需求，同时确保我们严格的质量控制标准得到满足，与标准管道相比，我们采用了独特的混合方法。第一次~ 50我们执行任务的质粒NGS标准全质粒测序. Addgene的QC科学家立即筛选这些质粒，以确认它们包含预期的特征，并且没有突变。

样品到达后，每组盘子都将有精选样品准备和筛选，由NGS抽查样品，其余的将进入“存档”状态。这种状态使我们能够存储质粒并将它们提供给科学家，而无需一次对数千个质粒进行全部耗时、昂贵和费力的QC。任何科学家要求的样品，将立即由我们的QC科学家进行筛选，以确定质粒包含所有预期的特征，并符合我们的QC标准。如果发现任何问题，我们可以迅速暂停所有订单，并通知任何要求获得质粒的科学家。通过利用密集筛选和高通量平台的核心优势，Addgene和Ginkgo正在通过修改两项核心业务的某些流程来实现平衡。

正如世界上许多地方一样，我们发现自己正在适应一种新的做事方式。这些新的过程有助于实现我们的使命，帮助科学在全球流行病的中间移动得更快。这些质粒的作用范围确实是全球性的。帮助科学家加速研究是我们来到这里的目的，我们很高兴能够在这个关键时刻这样做。

访问我们的新冠病毒-19质粒和资源页面！

参考文献

福岛S，渡边R，田口F (2008) SARS冠状病毒刺突蛋白介导的假型水疱性口炎病毒入侵分析。发表于:分子生物学中的方法。Humana出版社，第331-338页https://doi.org/10.1007/978-1-59745-181-9_23

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