为你的下一次CRISPR实验提供可搜索和可排序的gRNAs

妮可·瓦克蒙斯基

妮可Waxmonsky2016年5月17日

这篇文章是由Addgenies Brook Pyhtila和Nicole Waxmonsky共同撰写的

资源共享缩短了从计划实验到执行实验所需的时间。在Addgene，超过120个实验室已经进行了储存CRISPR试剂，包括许多含有grna的质粒(McDade等人，2016年)。这些质粒中包含的许多GRNA已成功用于同行评审的文章中。如果你用CRISPR瞄准你最喜欢的基因，使用其中一种经过验证的gRNA可以节省你制作和测试全新gRNA设计的时间。您现在可以很容易地在我们新策划的验证的gRNA目标序列表．

什么是经过验证的grna ?

适当的目标选择和gRNA设计是CRISPR实验的必要条件。选择过程通常是耗时的，并且不能保证选择的序列将产生有用的gRNA。或者，你可以选择一个已经在CRISPR实验中显示有效的目标序列。

Addgene致力于资源共享，这使我们开发了一个可搜索和可排序的数据表，其中包含经过验证的gRNA序列。在此上下文中验证是指表中列出的每个gRNA都已在已发表的文章中有效使用。这篇博文将作为使用我们已验证的gRNA目标序列表的指南。

免责声明：gRNAs的功效受目标位置、目标序列和模型系统的影响。即使gRNA已被证明在您的系统中起作用，也值得花时间对基因组目标进行测序，以确定是否存在任何序列变异(如snp)。此外，考虑测试针对同一位点的多个grna，以确保它们的效果是特定于该位点的。

经验证的gRNA表中的数据来源于科学家提交的材料，或者他们的gRNA质粒或从一电子表格单独包含已验证的gRNA序列。序列提交对于不是由质粒产生的经过验证的grna是受欢迎的。例如，如果你更喜欢将CRISPR组件作为rnp(核糖核蛋白)因此通常会转录grna体外，你可以把有效grna的序列发给我们，我们会把它们添加到这个列表中。

在此处访问电子表格以提交您的gRNA序列。

经过验证的gRNA表的特征

你可以访问这里的数据表．当前表列包括目标基因、物种、序列、Addgene质粒ID(如果我们有一个与gRNA相关的)、应用、cas9物种、PubMed ID和沉积物。的CRISPR应用程序我们目前的数据是:剪切、激活、干扰、可视化、刻痕、纯化、标记、支架、CRISPR-display，和dCas9-FokI。

这张表是合适的和可搜索的，这可以帮助排除您不感兴趣的数据。对于数字列，可以使用数据表标题中的克拉按字母顺序或升序或降序排序。

任何列中的数据都是可搜索的，您可以按数据的任何部分进行搜索。例如，输入'秀丽隐杆线虫”,或“线虫'将过滤要显示的表秀丽隐杆线虫gRNA序列。您还可以通过多个关键字进行过滤，这些关键字之间用一个空格分隔，以获得更具体的内容。例如，为了显示人类系统中用于激活的gRNAs，搜索“sapiens activate”来过滤表格，找到你想要的东西。