仓库战壕的提示:使用条形码跟踪样本

每个质粒样本以相同的方式进入Addgene。包裹由快递员递送，然后旅行转换和存储的开始。一些样品提交在培养皿中作为细菌菌落，但近80%的样本在微离心管中作为DNA接收。一旦样本进入Addgene的实验室，一系列的事件就会被触发。每一步都通过条形码管进行跟踪，扫描到我们的laboratory我信息米26层年代系统(LIMS)，我们使用这个数据库来跟踪和管理所有进入我们公司的样品。如果我们没有一种简单的方法去追踪所有可供分发的4万个样本，那将是一场噩梦!

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质粒的旅程开始了

首先，要打开每个包装，仔细检查内装货物，以确保样品完好无损。一些沉积物来自波士顿和剑桥附近的实验室。许多沉积物来自世界各地的实验室。这些包裹在运输过程中花费了数天甚至数周的时间，其中一些已经跨越了海洋和大陆。每个沉积物可能由一个到数百个样品组成，平均每个沉积物有10个质粒。实验室每周平均接收16个存款，尽管这个数字全年波动(见下图)。

基因科学家检查每个样本，确保它们都有一个唯一的ID号(如下图所示的1D条形码)。这个数字确保了每个样品在存储过程的每一步都可以很容易地被跟踪。在对原始示例进行条形码编码后，实验室团队接管并准备将示例输入Addgene的存储库。为了在我们的设施中长期存储，每个样品都被转移到一个2D条形码管(见下一节)，每次从这个管中取出东西时，底部的条形码都会被扫描，以验证它是正确的样品。

跟踪样本-这都是关于位置，位置，位置

Addgene有很多不同类型的样本——来自储户的DNA，细菌甘油股票，预备DNA准备好我们的质量控制流程-所有这些样品都有上面提到的2D条形码。这些条形码可以识别试管中包含的样品类型，但不仅如此，它们还帮助我们跟踪试管在实验室中的物理位置。这些条形码还允许我们为Addgene的每个质粒存储多种类型的管。Addgene的每个样本都有四层位置，都可以从2D条形码和LIMS中推断出来:

1. 条形码管
2. 板
3. 冰箱架
4. 冰箱

管被分配在一个板内的位置，可以容纳多达96个管(见下图)。每个车牌上都有数字和字母表示座标，从A1到H12。每个盘子都有10位条形码，然后被分配到一个金属冷冻架的位置，该冷冻架有5层，每层可以容纳5个盘子。这个机架位于5个-80℃冰柜或2个-20℃冰柜中的一个，取决于样品类型。对我们来说，知道每个样品位于哪个盘子、架子和冰箱是至关重要的。否则我们可能要花几个小时才能找到一个样品!幸运的是，如果在这个过程中的任何一个点掉了一排试管，我们都知道每个试管应该回到哪个位置，因为每个试管上的每个条形码都包含关于试管适当位置的信息。条形码还能识别每个试管中的内容。如果一盘样品掉了下来，我们可以简单地扫描试管，知道每个试管里都有什么。即使我们在冰箱后面或实验室工作台下面丢失了一根试管，我们也会知道特定的条形码和特定的样本丢失了，这样我们就可以从复制的样本中制作出新的试管。

转换

当DNA被接收和储存后，它被放入大肠杆菌经过处理的菌株容易吸收质粒(转化)。转化后的细菌在抗生素的作用下生长，只有带有质粒的细菌才能生长。当细菌分裂时，它们复制并保留质粒。这使得我们可以无限复制每个质粒，这样就不会耗尽。有许多不同的菌株大肠杆菌可以用于转换。的首选大肠杆菌菌株在Addgene中，DH5α、NEB稳定、ccdb存活和Pir1。大多数质粒含有氨苄青霉素或卡那霉素耐药基因．

整个过程的每一步都涉及到良好的无菌技术和控制，以确保没有东西被污染。我们使用过滤的吸管头和准备新鲜的培养基与抗生素在每个阶段。条形码和LIMS帮助我们跟踪每个样品，但我们也有一个专门的、注重细节的实验室团队，他们认真工作，捕捉错误。每一个被转化的样品都被镀到培养皿上，培养皿上也有条形码。这两个样品上的条形码都被扫描到我们的LIMS系统中，以确保它们匹配，帮助我们避免在一次转换几十个样品时混淆样品。

并不是所有接收到的东西都会立即转换和存储。有些样本需要用微脉冲进行转化，利用电荷帮助DNA进入细胞。有些样本需要降低抗生素浓度，或者需要转化成不同的细胞。我们的大部分样品(98.2%)都是第一次转化，可以立即储存。

每周，该实验室平均进行140次转换。实验室通常从周一到周三对新沉积的样品进行变换。每一个在那一周转化的样本都要接种，在周四储存。实验室在周五准备细菌甘油储备。从每个过夜培养，我们准备三套二维条形码管。其中两根试管用于长期存储(一根保存在Addgene，另一根被送到存储设施)。第三管用于完成订单。

打破(bar)的代码

在接收、转换和存储过程中的每一步，我们都确保我们使用的样管与相应的沉淀物相匹配。使用条形码管是Addgene成功的秘诀之一。它帮助我们快速、准确地处理样品，而且易于追踪。如果您刚刚开始一个实验室，或者正在寻找一种方法来组织您的实验室中的样品，我们强烈建议使用条形码!条形码管很容易获得，如果需要，可以在室内制作。

条形码和跟踪样品的提示

1.从管子开始-条形码管有多种形式。二维条码可以在小空间内存储大量信息，非常适合跟踪大型收集。许多公司，如热费舍尔和细微的，提供2D条形码管．1D条形码更适合一次读取一个字符的管道。1D条码可以从许多公司购买，例如Computype．管甚至可以蚀刻或打印特定的条形码上的公司，如Tubewriter．任何实验室都可以从使用条形码来帮助跟踪样品中受益。他们将帮助您的实验室确保样品ID是唯一的，一致的标签，数字不会被调换或误读。

2.跟踪集装箱-跟踪装管子的容器的位置和跟踪管子本身一样重要。虽然我们已经开发了自己的计算机系统来跟踪样品，但用条形码阅读器和Excel电子表格就可以很容易地完成。首先将样本条形码扫描到单元格中，顺序与它们在机架或盒子中存在的顺序相同。接下来，将1D条形码分配给装管的容器，并使用这个ID来命名相应的Excel表格。

3.要具体-当为你的样品分配物理位置时，包括尽可能多的关于该位置的细节。样品是否可以储存在多个冷冻箱中?不同的货架?每个架子上有不同的架子吗?给每个容器一个具体的位置，以知道在哪里找到你的样品。此外，为每个样品在特定的冰箱中提供一个独特的位置，将有助于确保样品易于定位在可能与多人或多个实验室共享的冰箱中。仔细跟踪防止我们Addgenies浪费宝贵的时间搜索样品，并防止我们丢弃错误的管。

Addgene实验室勤奋地工作，以帮助移动您的沉积样品在存储过程中的每一步-从沉积的DNA转化细胞，最后到细菌甘油库存，用于完成订单。条形码管有助于确保样品在旅途中不会丢失。花时间跟踪您的样品今天，永远不会失去一个样品!

阿曼达·哈森(Amanda Hazen)是Addgene实验室运营经理。除了协助实验室的日常操作，她还致力于通过自动化来提高实验室的效率。

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