如果你使用一个DNA纯化工具包，或者你使用一个DIY的纯化协议，你可能已经注意到有很多选择来洗脱你的DNA准备。你可能会看到协议建议在水中洗脱，Tris- edta (TE)，仅仅Tris缓冲液，或一些其他的变化。这有区别吗?简短的回答:是的。这最后一步将影响您的样品的稳定性随时间的推移，并决定哪些实验您可以有效地使用DNA。
pH和DNA酶影响DNA的稳定性
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| 图1:这么多选择!要做什么吗? |
影响DNA在溶液中稳定性的主要因素是pH值和DNA酶的污染。
极端的pH值会使DNA序列变性、断裂甚至改变。高pH值有利于氢键的断裂，使分子不稳定，有利于两个螺旋的分离。相反，低pH值会导致负责DNA螺旋结构的糖主链的酯键断裂，甚至通过一种称为DNA序列的机制改变DNA序列脱嘌呤．在去嘌呤化过程中，糖苷键的水解导致从DNA中释放嘌呤(腺嘌呤或鸟嘌呤)。这些无嘌呤位点如果在双链DNA中被碱基切除修复，但在进行复制的单链DNA中可能导致突变。
另一方面，DNA酶可以消化和降解双螺旋结构、片段质粒DNA、PCR产物或染色体。质粒DNA提取纯化过程中降解的主要原因之一大肠杆菌蛋白质内切酶I是由基因编码的吗恩达．如今,最常见的大肠杆菌菌株用于质粒扩增恩达阴性，意味着该基因已被移除/突变以中和核酸酶活性。对于仍然携带该基因的菌株，通常有额外的步骤，如热失活、蛋白质降解和/或使用螯合剂，可以引入纯化协议，以消除内切酶活性。
由于这些原因，选择正确的溶液是最基本的，它将影响您在不产生实质性降解的情况下存储样品的时间，以及您可以使用质粒进行哪些实验。
DNA洗脱选择:TE, Tris缓冲液或水
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| 图2:Tris- edta, Tris，还是水?你选择的缓冲液可能会影响你的下游实验。 |
TE (10 mM Tris-HCl,1 mM EDTA, pH 8.0)缓冲液是最好的缓冲液，可以长期保持制备的稳定性。Tris缓冲液控制pH值，而EDTA螯合任何二价阳离子，如Mg2+，阻止DNase的活性。虽然这对保持DNA的稳定性非常重要，但它会限制你对这些样本的使用。这是因为二价阳离子是现代分子生物学中许多工具(如限制性内切酶和聚合酶)必不可少的辅助因子。当你需要在TE中使用质粒进行酶促反应时，一种有效的方法是用水稀释你的样品以降低EDTA浓度。
或者，如果优先级是直接使用你的DNA制备在任何涉及酶反应的下游应用，一个有效的替代可以是Tris缓冲液(不含EDTA)或水。这是公司通过他们的试剂盒洗脱质粒DNA的两种选择。使用Tris缓冲液的优点是，它可以更好地控制pH准备，稳定质粒，并允许大多数下游处理。另一方面，无核酸酶水是一个很好的选择，因为它提供了在各种类型的实验中如何使用质粒的广泛用途。这两种溶液在长时间储存过程中维持DNA稳定性的能力可能有所不同，特别是在室温或4℃下。
储存DNA:温度和寿命
当你洗脱你的DNA时，你应该考虑更多的事情:你打算在哪里储存它，储存多长时间。最常见的解决方案是保持质粒在-20°C甚至-80°C，在这种情况下，你的制备可以在水或缓冲液中洗脱，它将稳定多年。质粒DNA可以稳定在4°C，甚至室温，而且有迹象表明在这些条件下，Tris缓冲液比水更好．
下次做质粒准备时，在你将洗脱缓冲液滴到你的DNA上之前，要详细计划。知道你想如何使用质粒DNA可以帮助你选择最好的方式储存和洗脱DNA。
参考文献
Murakami M (2013) DNA质粒储存条件的评价。《开放生物技术杂志》7:10-14。https://doi.org/10.2174/1874070701307010010
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