为什么以及如何开始研究染色质(在Addgene的帮助下)

艾瑞克·j·帕金斯

核染色质领土有多少次你看着一张描述转录,或DNA修复,或复制,或任何数量CRISPR应用的图表,然后想“好吧,但这在染色质的环境中是如何工作的?”虽然将组蛋白和染色质结构添加到每个描绘真核DNA某些方面的图表中会变得繁忙,并可能会削弱所描述的过程,但我们不能忘记,那些其他成分在现实生活中仍然存在。当然,在细胞核的背景下,用“线性”来指代任何DNA都是用词不当的。我们染色体中的DNA是非常三维的,你可以从这篇文章的染色质插图中看到利亚的埋葬微小的艺术

我开始思考这个问题,当我最近参加2018染色体结构与染色体组织重点研讨会.就像它发生的那样很多科学家不仅记得在这个背景下思考DNA,而且还专门研究它。他们可能正在研究控制基因转录的增强子元件,或者在需要修复的双链断裂处观察组蛋白甲基化状态。他们可能在核小体、环、染色体结构域或不同染色体上的DNA片段如何相互作用的水平上观察染色质。

染色质调控是复杂的,直接或间接地影响着生物学研究的许多其他领域。如果你正在寻找可以帮助你研究染色质如何影响你最喜欢的生物现象的资源,Addgene很有可能会帮助你。

尽管很难在一个每天都在增长的收集中整合每一个可以想象到的与染色质相关的质粒,下面的列表提供了相关资源的快照和一个很好的起点。下面的pi、文章、基因和博客文章列表并不全面,因此,仅仅因为您在这个列表中没有看到一个名字或基因,并不一定意味着存储库没有它。也就是说,如果你知道一种质粒,我们肯定没有,但你真的想要,请让我们知道!如果你研究染色质想要通过Addgene分享质粒,不要犹豫,开始过程

封闭的染色质配置研究染色质的基因存款人

下面链接的pi部分来自我在2018年Keystone染色体结构和染色体组织上看到的演讲和海报。这些并不是只有但你可以通过点击下面的链接并访问他们在Addgene网站上的相关PI页面,找到许多很棒的工具。

研究染色质的Addgene存款人的详尽列表
谢丽尔·阿罗史密斯 詹姆斯他 Kerstin Bystricky 考特尼霍奇斯
沙龙削弱 Archa福克斯 伊莱恩·福克斯 凯通用电气
罗伯特·金斯顿 Thoru Pederson 菲尔锋利 朱莉Ahringer
亚历山大·斯塔克 Bas van Steensel 理查德年轻 张易
伦纳德佐恩 你!

染色质相关基因,质粒来自Addgene

下面的链接列出了包含该基因的质粒列表,你可以订阅这些页面,了解Addgene何时收到包含这些基因的新质粒。与上述pi一样,许多这些基因在2018年的染色质Keystone会议上被讨论过。请注意组蛋白基因经常有许多不同的变体名称,并不是所有的都可以在这里列出。如果你在这个列表中没有看到你想要的基因,请考虑直接在我们的网站

穷举染色质相关基因与质粒在Addgene.org
AGO1 乳腺癌易感基因1 CREBBP CUL1
H2AFX H2AFY H3F3A H3.1
H3.3 HIST1H1E HIST1H2BB HIST2H2BE
RBX1 STAG2 Xist 你最喜欢的基因!
瑞士/ SNF基因:

缺失(SMARCA4)

BAF170 (SMARCC2) ARID1A

染色质研究的文章与质粒可从Addgene

许多报道染色质相关研究的文章描述了质粒的生产,这可能对你的工作有用。下面的链接将引导你到包含来自指定出版物的质粒列表的页面。你可以直接从Addgene索取所有这些质粒。请注意,我们的收藏中有数百篇文章中的质粒;以下文章只是一个小的横截面跨越20年的研究。

188博金宝官网Addgene博客与染色质相关的文章

这不是第一篇关于染色质的Addgene博客文188博金宝官网章——多名Addgene的同事和客座博主已经写了一些文章,描述了研究染色质和表观基因组的新方法和工具。如果你一直在考虑一些新的技术,下面的文章可能会引导你走向正确的方向!开放的染色质配置

捕获染色质相互作用:利用CRISPR-dCas9研究基因调控

CRISPR 101:表观遗传学和表观基因组编辑

CUT&RUN:一种研究蛋白质- dna相互作用的改进方法

CRISPRainbow和基因组可视化

基因之间的CRISPR:如何用增强子和表观基因组学进行实验


我要感谢和我一起参加Keystone染色质会议的许多科学家,特别是Karen Reddy (@theReddyLab)、Thoru Pederson、Joanna Wysocka、Kerstin Bystricky、Ben Martin和berkeley Gryder。不管有没有存款人,你的时间都很宝贵

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